◆2012年1月1日~2013年7月31日，执行财税〔2011〕111号文件。
此期间发生的国际货运代理服务，一般纳税人和小规模纳税人延续了原营业税政策，支付给非试点、试点纳税人的价款，允许从其取得的全部价款和价外费用中扣除，即差额征税计算方式相同。需要注意的是，一般纳税支付给试点纳税人的价款，如果取得增值税专用发票时，通过认证后可以抵税，故不得重复享受差额征税优惠政策。
◆2013年8月1日~2013年12月31日，执行财税〔2013〕37号文件。
结合财税〔2013〕106号文件的追溯条款，此期间发生的国际货运代理服务执行免税政策，但仅适用于直接代理。同时，该文件保留了有形动产融资租赁差额征税政策，国际货运代理服务不分一般纳税人和小规模企业提供，差额征税政策均被取消，即此期间该项服务不得扣除任何项目（包括行政事业性收费），应统一按照增值税计税方法计税。
财税〔2013〕37号文件未考虑差额征税政策的延续性，为保持与财税〔2011〕111号文件的协调性，财税〔2013〕106号文件补充规定，注册在北京市、天津市等9省市的试点纳税人提供应税服务（不含有形动产融资租赁服务），凭2013年8月1日前开具的符合规定的凭证计算的部分，在2013年8月1日前可按有关规定以扣除支付价款后的余额为销售额的，此前尚未抵减的部分，允许在2014年6月30日前继续抵减销售额，到期抵减不完的不得继续抵减。
◆2014年1月1日至今，执行财税〔2013〕106号文件。
国际货运代理业恢复了部分差额征税政策，但一般纳税人与小规模纳税人实行不同的抵扣项目，小规模纳税人可以扣除向委托方收取并代为支付的行政事业性收费，一般纳税人除可扣除委托方收取并代为支付的行政事业性收费外，还可扣除支付给国际运输企业的国际运输费用。同时，在该行业引入免税政策，并分别强调了适用差额征税、免税政策的前提。
差额征税政策、免税政策要求委托方必须是直接代理。另外，免税政策还要求试点纳税人向委托人收取的全部代理服务收入，以及向其他代理人支付的全部代理费用必须通过金融机构结算，并追溯至2013年8月1日，即只要符合条件，就可实行免税政策。如果当时开具的是增值税专用发票，需将专用发票追回后方可适用免税政策。该项政策不区分一般纳税人和小规模纳税人。
◆国家税务总局公告2014年第42号针对财税〔2013〕106号文件“直接代理”问题作出了进一步补充，自2014年9月1日起，扩大国际货运代理业免税范围。
不管是直接提供还是间接提供国际货物运输代理服务，只要最终提供的服务是国际货物运输代理服务，不再区分直接代理还是间接代理，就可以享受免税政策。前提是通过金融机构结算。需要注意的是，货代公司为大陆与香港、澳门、台湾地区之间的货物运输提供货物运输代理服务的，参照国际货物运输代理服务有关规定执行。
◆各时期的税收文件都强调扣除凭证必须符合法律法规的规定。
1.支付给境内单位或者个人的款项，以发票为合法有效凭证；
2.支付给境外单位或者个人的款项，以该单位或者个人的签收单据为合法有效凭证，税务机关对签收单据有疑义的，可以要求其提供境外公证机构的确认证明；
3.缴纳的税款，以完税凭证为合法有效凭证；
4.扣除政府性基金和行政事业性收费，以省级以上财政部门印制的财政票据为合法有效凭证；
5.国家税务总局规定的其他凭证。
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